2、民兵体系将会从凤凰军的作战体系中剔除，但又不完全剔除，而是要建立一个类似后备军的民兵晋升体系，虽然大部分守护者民兵在战斗结束后都会急匆匆的甩掉战争的印记，但也有一部分适应了战争，他们不再追求平和的生活，但由于方舟世界大多没有常备军，往往会转向武士道途，基于这种情况，未来凤凰军中相当一部分正式士兵会从守护者民兵中诞生。
3、重新建立凤凰军的指挥链，新凤凰军的组织构架将会分成三部分，分别是步军，飞军和龙军，每一军都有一个最高中枢名为军机处，但它并不是一个指挥机构，而是一个信息监控，处理和调度机构，由3-6名先知组成，但先知们本身并不是军人，他们也没有军阶，也就没有任何指挥权，军机处直接对索什扬负责，任务就是为最高指挥部提供战场和各个部队的动向，同时不同军机处之间采用心灵链接的方式进行协调，以达到效率最大化，而凤凰军的最高机构自然就是索什扬本人。
4、细化部队的指挥序列，取消了过去以战群为结构的混乱的组织构架，重新构建新结构。
其中步军的组织构架是小队-连-营-旗，其中步兵小队是由6-12名士兵或者道途武士组成，一般来说两者会分开组队，但必要的时候可以将一个6人士兵小队和一个6人道途武士小队组合成一个新的12人小队，同时每一支步兵小队都至少会有一个蛇之鳞反重力平台（可以装备星镖炮或者D炮）进行重火力支援，同时规划中还会有3-6台反重力纺锤机蜂进行辅助作战，另外步兵小队中也有完全使用载具的小队，比如由3架黄蜂攻击艇和6架反重力摩托组成的高速火力小队，或者完全由摩托组成的高速侦查小队。
但其中值得注意的一点是，索什扬所设计的连并非固定的步兵小队就是步兵小队，装甲小队就是装甲小队，人类这么干是因为人类受限于寿命，短暂的一生往往只能掌握有限的作战技巧，也就是所谓“专业”，但这个并不适用于艾达，因为艾达的寿命太长，只要肯花时间学习，那么一个艾达士兵可以熟练操控几乎所有战争机器，所以一个步兵小队可以通过直接部署空载
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