材料研究院，船舶研究院，炼金研究院，武器研究院，能源研究院，机械研究院，潜艇研究院，航空研究院，气象研究院，空间研究院。
铁道部下属：列车司，红土大陆甲铁城铁路系统。
外务部下属：加盟国事务司，非加盟国审核司。
历史研究部下属：学园都市奥哈拉大图书馆，历史正文处理司。
【CIPHERPOL总部】
下属CIPHERPOL-AIGIS0，CIPHERPOLNo.9-CIPHERPOLNo1，冠昊岛。
【阎罗院】
下属黄泉城，冥军总部，灵子研究院。
管辖海星冥界，卡巴内冥界，鬼灭冥界，巨人冥界，帝具冥界，零魔冥界。
【半官方组织】
御刀斋，名刀镇，阴阳寮，魔法师协会，冒险者协会，厨师协会。