海军除南直总部外，分设四大分舰队。北方舰队，张名振担任指挥，冯可宗担任总监，辖平辽、山东海域，驻港天津、青岛。
东海舰队，王浚担任指挥，戚盘宗担任总监，驻港琉球。
南海舰队，沈世魁担任指挥，冯淇盛担任总监，驻港泉州。
南洋舰队，郑芝凤担任指挥，梁凤鸣担任总监，驻港马六甲，还有那个什么祥林。
另外，马六甲设南洋总督区，吴阿衡出任总督，移民军屯十万。毛文禄太年轻，由昭武卫副指挥牟文绶出任南洋总指挥，海军亦受其节制。”