言辞恳切、证据翔实、战略清晰的《请剿倭寇根本疏》以六百里加急送往北京。
在奏疏中，苏宁首先陈述了确凿情报：“臣已侦得，倭寇巨酋王直之余党，并纠合诸岛浪人、海贼，盘踞于琉球以东之八重山诸岛，以此为巢，劫掠商旅，侵扰沿海，罪证确凿。”并附上了详细的侦查报告与海图副本。
继而，他分析了战略必要性：“以往剿倭，皆如扬汤止沸，击其流窜之影，难毁其盘踞之根。今既知其巢穴，若不出重兵犁庭扫穴，则不过数年，彼必死灰复燃，海疆永无宁日。”
最后，他提出了具体的作战请求：“臣请旨，率浙直水陆精锐，渡海东征，直捣八重山贼巢。水师断其外援，陆师登陆清剿，务求全歼丑类，焚其营寨，毁其船只，以绝后患！此战若成，可保东南沿海数十年之太平！”
奏疏抵达京师，立刻在朝堂之上引发了比台州大捷时更为激烈的争论。
内阁值房内，几位大学士的意见泾渭分明。
以张居正为首的支持派态度审慎而坚定。
尤其是张居正仔细审阅了苏宁附上的海图和情报分析，目光锐利：“苏安邦行事，向来谋定后动。台州之捷，已证其能。今既有确凿巢穴，跨海征剿，正是一劳永逸之上策！若迟疑不决，待倭寇警觉转移，则失此良机，日后剿抚，所费更巨！”
另一位支持此议的官员补充道：“元辅，苏总督麾下新式水师，船坚炮利，台州海战已显威力。陆师亦多百战之兵。此时不战，更待何时？唯有根除祸源，方能彰显天朝威严，令四夷慑服！”
而以部分守旧勋贵和担心财政的官员为主的反对派却也有自己的理由。
“万万不可！”一位须发皆白的老臣激烈反对，“跨海远征，劳师袭远，乃兵家大忌！茫茫大海，风涛难测，粮秣补给如何维系？若战事迁延，师老兵疲，岂非重蹈前元征日之覆辙？”
“耗费太巨！”户部侍郎立刻算起了经济账，“打造新式舰船已花费颇多，此番远征，粮饷、弹药、抚恤，又需多少银两？国库刚刚因‘一条鞭法’稍有起色，岂能再兴如此大规模战事？”
更有保守者忧心忡忡：“将在外，君命有所不受。苏总督已掌东南军政大权，
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