室衰微的状况，故而向朝廷建议说：“刺史、太守行贿买官，盘剥百姓，招致众叛亲离。应该挑选那些清廉的朝中要员去担任地方州郡长官，借以镇守安定天下。”他本人自请充任交州牧，意欲借此躲避世乱。
当时，益州刺史郤俭在益州大事聚敛，贪婪成风。本来想领交州避祸的刘焉因为听侍中董扶说益州有天子之气，改向朝廷请求为益州牧。于是以刘焉为监军使者、益州牧，被封为阳城侯，命其前往益州逮捕郤俭，整饬吏治。董扶请求出任为蜀郡西部属国都尉，太仓令赵韪也弃官跟随刘焉。刘焉因为道路不通，暂驻在犍为东界。当时逆贼马相、赵祗自称黄巾，先杀绵竹令李升，又攻破雒县，杀死郤俭。马相自称天子，杀巴郡太守赵部，不久后又被益州从事贾龙组织军队击败。贾龙于是迎接刘焉入益州，治所定在绵竹县。刘焉上任后，任命贾龙为校尉，将他迁到绵竹居住。刘焉安抚收容逃跑反叛的人，极力实行宽容恩惠的政策，但内心别有图谋。