寺的机构，朱由检越想越觉得太常寺非常重要，宗教、祭祀在这个时代影响力非常大，翻译也是十分重要的事情，他打算用这个部门实现一些谋划，引领思想文化。
所以他同时规定了，有宗教信仰的官员不能在太常寺担任高级官员，避免干扰祭祀、影响宗教政策。
太仆寺和光禄寺比较简单，很容易完成调整：
“太仆寺可设置车驾总署，管理车驾事务，原库房、草场不用改动地点。”
“设立马政总署，管理各牧监，统计各地行太仆寺和苑马寺的马匹数量、战马数量、种马数量，引进优化马种等。”
“设立茶马总署，管理各地茶马司和马匹贸易。”
“设立邮政总署，管理各地驿站和邮传事务。”
“光禄寺可以按地点设置分署，为各地提供膳食。”
这样交待下去，太常寺、太仆寺、光禄寺这些被调整的部门，都有了章程可循，不至于各自为政，闹出各种事端。
不过朱由检还不放心，又安排吏部侍郎杨景辰确定各部门的编制和章程，避免他们胡来。秉笔太监王文政也被他派出去，负责盯着这件事。
同时，他心中还打算在掀翻阉党之后，把涉案太监、官员、贵族的宅院置换出来，在承天门附近集中安置一些衙署。否则办个事都要东西乱跑，那就实在太远了。詹事府、台基厂附近就不错，可以考虑放在那。
正在想着这些，朱由检忽然见到前任吏科都给事中杨所修站出来，弹劾太仆寺卿管台基厂事陈殷、兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、延绥巡抚朱童蒙，应该回乡守制。
还弹劾吏部尚书周应秋，认为他漫无主持，有负圣恩，无法承担起吏部事务。
这个发言，让朱由检精神一震，知道对阉党的攻击终于真的来了。崔呈秀想要撤退，有人站出来拖后腿，还牵扯到周应秋，一下有两位六部尚书被参。
仔细看去，朱由检还认出杨所修在上次朝会上被阉党廷推为南京通政使，这让他心中直乐，知道阉党开始内乱：
『等等看，会有更多的人冒出来。』
『阉党这么一乱，其他人就看到机会了！』
没有听从杨所修的弹劾，朱由检面色一肃，骂他没有证据胡乱诋毁人，继续下一项议
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