孙传庭被再次起复的时候，崇祯皇帝也曾平台召对。
当时，崇祯皇帝问政于他，孙传庭当着崇祯的面就曾说出“欲破流贼，非有精兵二万，粮饷百万不可”的话。
崇祯皇帝当场面露难色：“粮饷百万……”
要知道，崇祯皇帝的内库里早就空空如也，那原本就少得可怜的内帑早就被他花光用尽，而现下库里虽然还有永宁伯张诚进贡的一百万两银子，可他又怎能全都给了孙传庭呢？
如今的大明正值多事之秋，用银子的地方海了去了，而朝廷国库也是入不敷出，他这一百万两自然要用在刀刃上，一旦花光用尽了，还去哪里再搞来一百万两银子。
果然，崇祯皇帝沉思良久后，方才叹道：“朕……至多也就能给你三十万两。”
孙传庭对此也是丝毫不感到惊讶，他提出这“粮饷百万”的请求，其实也只是一个幌子，为的能使自己接下来提出的条件顺利通过。
他退而求其次，当场请求崇祯皇帝准许自己在陕西自筹经费，用以编练新军，实现他的“以秦兵卫秦地，以秦地养秦兵”理念，在陕西全境大力推行屯田之政，以及招兵买马等种种政策，希望朝廷能不加干涉，使其可以便宜行事。
对此，崇祯皇帝又一次沉默了，孙传庭的要求并不十分过分，此前他就曾允准张诚在宣府镇便宜行事，才操练出强悍的勇毅军。
不过，张诚毕竟是一介武夫，而孙传庭却是文臣，崇祯皇帝一方面希望他能练出一支劲旅，另一方面又担心过度放权，会使其势力膨胀，成尾大不掉之势。
这时他猛然想起陈新甲的话“若不想张诚难以掌控，就应扶持辽东吴三桂，甚或左良玉之流，使其相互制衡，不敢逾制。”
终于，崇祯皇帝下定了决心，道：“朕准你在陕西便宜行事，望卿能尽快练成劲旅，剿灭流贼，方不负朕之厚望。”
当日，崇祯皇帝更是在后殿设宴款待，为这些年孙传庭的委屈压惊，又问起他到地方后的施政措施，孙传庭一一作答，所言所语，颇合崇祯皇帝心意，对孙传庭的许多建议也是一一采纳，这让孙传庭内心激动不已。
兵部也尽复传孙传庭的一切官职，任他为兵部左侍郎，充陕西三边总督之职。
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