基本沿袭前明制度。
当然，和前明又有所不同，首先，明廷从太祖朱元璋开始，不再是宰相统领百官向皇帝负责，而是百官直接向皇帝负责。
而齐国建立后便恢复了丞相制度，准确来说这个职位是首相，首相负责分担皇帝部分权力和职责——因为武定皇帝刘招孙后期多病，每日批阅上千份奏章，实在力不从心。
大齐草创不久，首相职位一直空缺，刘招孙没有进行任命，因为一直没有合适的人选。
当时杨镐虽然贵为首辅，然而在开原根基不深，难以服众。
而康应乾则因为失去张嫣支持，实力一落千丈，更不可能被任命，所以大齐朝廷的首相职位一直被空缺。
现在大齐处于危急时刻，康应乾又是顾命大臣之一，自然而然成为大齐首任首相的不二人选。
杨镐一派在王恭厂大爆炸中伤亡殆尽，康应乾现在在文官体系中处于如日中天的地位，这次护送太子平安返回辽东，大部分功劳也被算在康监军头上，老康也得到了金皇后的支持，所以无论从哪个角度上说，康应乾都应该是首相。
在首相之下才是六部尚书和左右都御史（正二品），通政使和大理寺卿（正三品）。六部尚书负责朝廷具体事务，左右都御史为监察系统的首领（监察系统还有其他官员）。
通政使负责把各地的奏章整理归档呈交内阁。
大理寺不光复核重大案件，必要时候还直接参与案件审判（三法司会审）。
乔一琦被任命为户部尚书，孙传庭为兵部尚书，皇太后金虞姬垂帘听政。