特奉皇帝的命令，"言语恳切，带着和平诚意"地占领了普鲁士科堡附近的所有要地，战争爆发后，迅速地占领了安斯巴赫。
但在耶拿-奥尔斯塔特会战(1806年10月)中，却十分迟缓，而且虽然距两个战场都只有7英里远，却无所作为，两次战斗都没有参加，并致使达武的第三军陷于苦战，但因为他是拿破仑的原未婚妻的老公，拿破仑下不了手，他才免于被军事法庭处罚。
吕贝克战役抓获一些瑞典俘虏，贝尔纳多特第一次被瑞典当局注意。
11月7日贝尔纳多特在追击普鲁士残军时在特拉弗明德迫降后来在滑铁卢击败拿破仑的普军布吕歇尔军团。
解除军务
1807年1月25日，他率第一军(2.5万人)在梅林根之战中战胜俄军本尼格森部(6.3万人)，阻止了俄军的进攻，从而得以将攻补过。6月4日参加古茨泰特-阿伦施泰因之战负伤而去职。伤愈后担任驻汉堡的军区司令。
1809年3月担任德意志军团第九军(萨克森军，1.8万人)军长，参加瓦格拉姆会战(1809年7月5-6日)。
在战斗的第一天，位于法军阵线中部的贝尔纳多特所部不但没有攻下任何敌人阵地，反倒被奥军逐出了自己的出发阵地，狼狈逃回。
第二天，担任右翼的贝尔纳多特再次被击溃，这让拿破仑非常恼火，贝尔纳多特在会战后被撤职，于8月返回巴黎并受命指挥部队防御英军在瓦尔赫伦岛的登陆。
愤怒的贝尔纳多特返回巴黎，内阁会议仍然信任他，并任命他担负起在荷兰防御英国的责任。
瑞典王储
1810年5月28日瑞典王储查尔斯因中风死亡。
在贝尔纳多特正准备前往罗马担任总督时，他意外地获知他被选为瑞典国王卡尔十三世的继承人。
这是因为大部分瑞典军人考虑到未来可能与俄国发生军事冲突，因此倾向于由一位军人出任未来的国王，另外也部分因为贝尔纳多特在丹麦的作战中对瑞典战俘相当友善并得到了瑞典战俘的信任，这为他在瑞典赢得了名誉。
这件事是由一位瑞典大臣——卡尔奥托莫尔奈(KarlOttoM??rn
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