从二月守到七月，叛军久攻不下。其间大小百余战，守城军民历尽艰险，虽然府城无虞，但巡抚徐从治不幸中炮伤重而亡，而且“城中食尽，屠牛马鸡狗及麸糠以饵捍圉者，又竭，至啖井泥。盐绝，人黄无力，倚陴如睡”。
率领援军的兵部右侍郎刘宇烈又一直逡巡不前，朝廷和他都主张招抚叛军，孔有德亦假称愿意投诚。刘宇烈多次派人为叛军求抚，并指责朱万年等不该出击以激怒叛军。七月四日，推官屈宜阳入莱州城，持刘宇烈檄正式宣布招安，让莱州官员出城受降。朱万年对下属和百姓说：“叛兵残破郡邑，杀戮朝廷命吏，自知罪在不赦，必无降理；且未经大创，其志甚骄。往则徒损乎国威耳！然知府食禄为王臣，此身固不敢惜也”。
七月初七日，朱万年和登莱巡抚谢琏出城受降，叮嘱将领杨御蕃留下守城，切莫跟随。临出城，有秀才张生咬住朱万年衣襟不让走，“公疾走扯落其齿，不顾而去”。于是出现了本文开头所说的那壮烈的一幕，践行了朱万年生前所说：
“生作奇男子，死为烈丈夫，吾辈不当如是耶！”
朝廷闻听消息，大为震惊，将刘宇烈下狱，新任山东巡抚朱大典奉命督总兵官金国奇等率兵数万平定叛乱，解了莱州之围。清军入关时，孔有德降清，成了清军的急先锋。在桂林杀害瞿式耜和张同敞即是此人。嗣后，被李定国围困后自杀。朱万年的死讯传至故乡黎平，何腾蛟拍案叹道：“好事被朱公先我为！”后何腾蛟抗清兵败被俘，英勇就义前大呼：“此生不负朱公矣”。
莱州百姓在城南门外立牌坊一座，上书“朱太守骂贼死难处”；又于殉难处建忠烈祠一座，其楹联为“可知节比睢阳，至今三十载，雨雨风风，犹时见攒刃中怒目张须之状；莫怪泪如岘首，试看亿万家，老老幼幼，亦孰非围城内呕心吐血之遗”，将朱万年比作唐朝张巡和晋朝羊祜。而且为了避开朱万年七月七日殉难日，莱州将每年的七夕节前移一天，改为初六过，家家户户炸“面鱼”。
清代贺长龄《题明朱万年公莱州守御图册诗》云：“呜呼！死国易，守城难，死以全守难上难！”“七月七日箫鼓鸣，莱城士女拜
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