荷通商条约作为对策，但幕府对此事一直半信半疑，认为"反正上托祖宗神灵的威福保佑，区区洋人到时又能怎样?"
于是上下垂首坐待，毫无对策。佩里到来的当天夜里，江户城一片混乱，武士们忙于备战，车声粼粼，战马萧萧，城外大小寺院内钟声齐鸣，妇孺凄厉地哭喊，有钱人准备逃往乡间，更多的人拥进神社，击掌祷告神灵，乞求“神风”再起，摧毁“黑船”。
当天午夜，江户城发出信鸽将“黑船”到来的消息送往京都，孝明天皇惊颜失色。从他七年前即位伊始，西洋各国叩关之声便一阵紧似一阵，如今外国军舰真的击碎了德川幕府的“两百年太平之梦”。孝明天皇对黑船一筹莫展，只得一面谕示幕府不要忘记负有保卫日本的责任，一面亲自前往神社，连续祈祷十七天，乞求神灵保佑，攘斥夷类，天下太平，皇祚长久。
在从未见过的蒸汽快船和大口径火炮威胁下，幕府被迫接下了美国总统要求日本开港、保护美国遇难船员、提供煤水补给站三条内容的国书，但是对其细节则设法推迟到次年答复。佩里因为在琉球还有紧急任务，于是暂时答应了幕府的请求，但是在返航前，美舰突然开入江户湾深处，测量水道。当怒气冲冲的日本官员质问原因时，佩里暗含杀机地回答道，他明年春天还要率领一支更大的舰队回来，现在正在寻找一个更大的停泊地。他还警告幕府说，在明年春天作出答复还不晚，但是如果美国的要求得不到满足，那么他将不惜诉诸武力。7月17日，佩里舰队经琉球返回上海。
自1635年德川家康因天主教威胁而宣布锁国以来，日本的国门第一次对中国和荷兰之外的国家洞开。“黑船事件”使幕府受到的冲击是前所未有的：征夷大将军德川家庆正在病中，接到美国国书后急火攻心，10天后便辞世，德川幕府群龙无首，幕府老中(担任行政职责的最高长官)阿部正弘不得不向各藩征求意见，这在将军独断专行的年代是史无前例的。江户幕府两百年来那深不可测的神秘、庄严和威风，在西方的坚船利炮面前，如同小心保存在密闭棺材里的木乃伊，一旦接触到外面的
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