默许传教士在领地内传教，还曾接见耶稣会传教士，允许他们在京都、大阪等地建立教堂。
丰臣秀吉早期，也延续了这一态度，甚至在京都举办过基督教传教大会，对传教活动予以公开支持。
在大名的扶持下，基督教信徒数量激增，九州、近畿、关东等地形成了庞大的信徒群体，其中不乏影响力深远的天主教大名。
小西行长自幼接触基督教，成年后正式皈依，在领地内大力推广教义，修建教堂，其手下的武士与百姓大多为信徒。
大友宗麟更是将基督教定为本藩的「国教」，派遣传教士前往欧洲，试图与欧洲王室建立同盟，成为基督教在日本传播的核心推动者。
这一时期，基督教的传播不仅局限于精神层面，更深刻影响了日本的社会与文化。
传教士带来了西洋的天文、历法、医学、建筑等知识，修建了西式教堂与学校，培养了一批懂西洋文化的日本信徒。
南蛮贸易（日本与欧洲、东南亚的贸易）也因传教士的牵线而愈发兴盛，西洋的丝绸、香料、火器源源不断地涌入日本，为战国乱世的格局，增添了新的变数。
据记载，至天正十五年（1587年），日本的基督教信徒已达数十万之众，教堂数量超过两百座，成为东亚地区基督教传播最兴盛的国家之一。
然而，盛极而衰的转折，来得猝不及防。
天正十五年（1587年），丰臣秀吉完成九州征伐后，目睹基督教在九州的势力日益庞大，又听闻传教士干预大名内政、强迫百姓改宗，心中渐生忌惮。
他深知，这种跨越国界、凝聚力极强的宗教，若不加以管控，终将威胁到自己的统治。
同年七月，丰臣秀吉颁布《伴天连追放令》（「伴天连」为葡萄牙语「传教士」的音译），正式下令禁止基督教传教，驱逐外国传教士，拆除教堂。
但此时的禁教令，执行得极为宽松。
丰臣秀吉虽忌惮基督教的势力，却不愿彻底断绝与欧洲的贸易往来。
西洋火器与南蛮贸易带来的巨额财富，是他巩固统治、征战天下的重要支撑。
因此，《伴天连追放令》更多是一种威慑，不少传教士并未真正离开，而是隐藏在信徒家中，继续开展秘密
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