少林武僧毫无防备，终因寡不敌众，死伤大半，圆慧大师也身受重伤，不得已退至藏经阁。
外出的大弟子慧能赶回寺院时，寺院已被祁天远完全控制。
为了保存实力、保住木棉袈裟不被奸人夺走，圆慧命人带着幸存的少林弟子杀出重围，将袈裟送往法华寺，交圆秀师叔收藏，自己则自焚身亡。
慧能带着一班少林弟子经过一番血战后，终于冲出少林寺。
可不料在前往法华寺的途中遭到祁天远及锦衣卫的追杀。
厮杀中，慧能受伤跳下悬崖，被路过的贩马主救起，怎料祈天远一路穷追不舍，贩马主为救慧能也惨遭杀害，慧能与贩马主的女儿林樱历尽千辛万苦，终于从魔掌中逃出重围，被武当山云玩真人搭救。
而带着袈裟的慧慈在与锦衣卫的搏斗中也不幸身亡。袈裟落入祁天远之手，在王澄的指使下，祁天远准备就任了少林寺的主持。
慧能与林樱在武当山跟随云玩真人练就了破祁天远的绝世武功后，重返少林。
就在钟鼓齐鸣，祁天远准备披上木棉袈裟接任主持之际，慧能出现在大雄高殿。
在林樱及武当道士的帮助下，一场恶战后，慧能终于化解了祁天远的绝招，打死祁天远，赶走了朝廷的锦衣卫，重新夺回木棉袈裟，慧能披上了木棉袈裟，被全寺寺僧推为少林寺第二十八代主持。
总之这电影要是放到后世，恐怕少林弟子全急眼了，难不成我们少林功夫比不过武当的功夫？
不过这会儿没人说这个，都觉得拍的特别好，电影在香港一上映，票房收入1500万，直接杀入年度前十，成了双南院线当时的支柱电影。
徐向东作为男主角一炮走红，而于荣光的冷峻气质中的邪与狠使他首登大银幕就给人留下了深刻的印象。
最小丑的是，某方看到徐小明的《木棉袈裟》大放异彩，大获成功，于是决定“改剿为抚”，要徐小明写个悔过书这事儿就算是过去了。
结果徐小明理都不理。
气的小丑们直接破防，说今后再不许徐小明进我们的地方。
总而言之，徐小明这个人身子正，而且也是在他的带动下，越来越多人试着去内地合拍，尝鲜拓荒，贡献极大，江弦也就非常乐意和他交
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