西班牙国王腓力二世乘英国海防空虚之机派出第二支无敌舰队进攻英国。但是，这支船队在比斯开湾遭到秋季飓风的袭击损失惨重。剩余船只被迫回到费罗尔港。英国又一次面临着1588年无敌舰队残余回到西班牙后的那种形势。像那时一样伊丽莎白和财政大臣威廉·塞西尔把消灭其残余视为头等大事。塞西尔写到：“我认为没有任何事情比组织远征，消灭在费罗尔的西班牙军队更为必要。”到1597年夏，又一支英国远征队组成。关于这次远征的目的，女王6月15日的指示十分明确。首先是摧毁在费罗尔的西班牙舰队，这一目的一旦实现“在一个相当长的时间内,我们就不必担心来自他的威胁，如果费罗尔的舰队已经出航，埃塞克斯必须尾随其后,并最终消灭之。完成这一任务后，埃塞克斯可以去亚速尔群岛拦截来自美洲的运银船，但必须在冬季前回到英国。”
然而远征指挥官们仍把获取利润作为首要目的，直接驶向亚速尔。这次远征失败后，伊丽莎白结束了官方参与的海上冒险活动。同时命令舰队今后不得离开本国沿海海域。
针对英国新教徒使用私掠船攻击西班牙和葡萄牙的商船行为，西班牙君主通过敦刻尔克私掠船发起反击造成新教徒航运的惨重损失。
这两次远征战英西双方各有胜负，从1590年年起英西战争走入僵局。
1602年，英国与荷兰通过多佛海峡海战一度获取英吉利海峡乃至欧洲西部海域的主导权并持续两年。
1601年至1604年，西班牙军队围攻英何战略要冲城市奥斯坦德（今比利时西佛兰德省西北部城市），展开欧洲历史上最残酷和血腥攻城战，经过三年的围攻，英荷联军最终投降，西班牙军队拿下了这座城堡，使英荷西三方都想结束战争，回到和平。
1604年由西班牙腓力三世与新任英格兰国王詹姆斯一世代表签订伦敦条约后，英西战争画下句点。
西英协议分别停止对爱尔兰与尼德兰的军事介入，且英方放弃在公海上的劫掠行为。缔约两方皆有达成部分目标，战后西班牙重获欧洲西部海域优势。条约整体有利于西班牙。但整起战争过程对两国财政都造成了相当程度的
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