为此，他特命御前参谋司着手起草《大明整军纲要》，这部纲要，将成为未来十年大明军事改革的总纲。
其内容涵盖极广，既有军队内部扫盲班之设立，凡入伍士卒，无论出身，须识字三百以上，通晓基本军令与律条，打破“兵不知令、将不识图”的旧弊；
又有士兵年均伙食标准之制定，每日米粮、肉菜、盐油皆有定额，不得克扣；更涉及军队后勤管理体系的构建，从军需仓储、道路修缮到战地医疗、伤员转运，皆拟订细则。
此外，还拟推行“军法官”制度，仿照文官监察体系，在连级以上建制设专职军法官，独立于指挥系统之外，专司军纪纠察与官兵权益保障，既要严惩临阵脱逃、克扣军饷等恶行，也要保护士卒不受将领私刑滥权之苦，确保军中公正严明；
另设“军属抚恤署”，与兵部、户部对接，负责对阵亡将士遗属发放抚恤、分配屯田，对伤残士兵，妥善安置为驿站驿丞、皇店管事或地方民壮教头，确保“死有所葬，生有所养，伤有所依”
这一切的改革举措，皆是为了从根本上重塑军人的荣耀。他要让天下人明白，从军报国非但不是贱业，而是男儿立身天地间、建功立业、光耀门楣的崇高途径。
他要复兴汉唐那种“大丈夫功勋马上取”的豪迈气概，让“忠君报国、开拓进取”成为每个大明军人的精神信条，彻底扭转“好铁不打钉，好男不当兵”的陋见。
朱由校心里明白，虽然现在武器装备、精锐兵员，他都可以借系统之力迅速获得，可整个大明军队的思想建设与军魂塑造，却无法凭空生成，必须由他亲自摸索、奠基。
后世半岛那场惨烈之战已经向我们证明，一支装备落后、补给匮乏的军队，竟能以血肉之躯击退武装到牙齿的敌人，究其根本，非因武器之利，而在军魂之坚。
一支没有信仰、没有纪律、没有集体荣誉感的军队，纵使披坚执锐、甲胄如云，亦不过是乌合之众。
正当他沉思之际，一名小太监捧着密匣快步趋入，躬身呈上：“陛下，南京加急密信。”
朱由校抬手示意太监退下，此信由魏忠贤与杨明辉联名呈递，仅用三日便抵达京师，送到了朱由校手中。
系统锦衣卫所用信鸽皆经严格驯
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