收服了四川。可是四川之地并不太平，尤其是那些偏远地区是高山密林中，一些当地的土著部落根本不服从朝廷。
这些当地的土著被称作獠人，自宋代起，南方就有獠人作乱。
其实，到了大明时期，这些山中的土著部落已经融入了当地百姓的生活。土著们，也都接受了朝廷的统辖。
张献忠兵进四川之后，实行恐怖的杀戮政策。许多土著们只好躲进山林，在高山密林中种地打猎。
他们缺少必要的生活用品，因为不敢出来和当地百姓贸易。于是抢劫，成了他们解决生活用品需求的办法之一。
十二团营已经数次围剿过他们，奈何有的地方山高林密的，加上对地形又不熟悉。这些土著部落神出鬼没，很难被清剿干净.
朱慈烺对于这些土著们采取的措施也相当宽容，只要抓住的俘虏，就跟他们解释朝廷的政策。如今四川已经不是流寇肆虐的地盘，这里回归了大明朝廷的管辖。
朝廷有法度，只要你们遵从大明律法。朝廷不会不管你们的，你们这些隐居山林的部落，都可以迁移过来。朝廷会给你们划拨地盘，鼓励你们开垦土地丰衣足食。
许多土著们纷纷响应，表示愿意归顺朝廷，可是依旧有很多的部落并不知情，他们还是时不常的会作乱。