皇帝回京之后，便开始大力的整顿吏治。
第一件事就是，让刑部、都察院、大理寺三法司停摆，由锦衣卫接管此案。
明代审判机关合称“三法司”即刑部、大理寺、都察院。明代刑部替代大理寺掌管主要的审判业务。大理寺成为慎刑机关，主要管理对冤案、错案的驳正、平反。都察院不仅可以对审判机关进行监督，还拥有“大事奏裁、小事立断”的权利。“三法司”之间一定程度上体现出了职权分离、相互牵制的特点。
为什么崇祯皇帝直接废掉了三法司，就是因为牵连这黑银矿案中，有大量的三法司官员牵涉其中。
所以说，定兴县的银矿案，只有锦衣卫有独家审讯调查权。最终调查结果上报崇祯，最后由崇祯皇帝亲自决断。
崇祯皇帝要在朝中重新大洗牌，虽然这很有可能动摇国本。可当此时刻，唯有壮士断腕的勇气，方可彻底根除顽疾。
而锦衣卫，也得到了开国以来最大的职权。一时间，京城人心惶惶。街道上，白天黑夜到处都是锦衣卫抓人的影子。
官员们胆战心惊，生怕自己见不到明天的太阳。明明今日还在朝堂安心的上朝，搞不好明日就被锦衣卫下了诏狱。