搭载的火炮有限，威力小、射程近，面对清军的鸟船、乌尾船之类的正规战船，对炮完全处于劣势，需要顶着清军船舰的炮火冲到几乎能跳帮搏战的距离，搭载的火炮才有把握将清军的战船轰毁轰沉，可若是真的冲进了那个距离，那还不如直接跳帮夺船。
但即便是跳帮搏战，船舰的差距也给红营带来了很多负面的问题，一则民船改造的船舰不如清军的战船坚固，在跳帮前的碰撞之中就很容易被清军战船撞翻倾覆，实际上清军水师与红营水师交战之时，往往便会挑选精锐的大船作为先锋，直接驾船鼓帆顶着炮火直冲红营的船队，将红营的船舰撞翻、队列冲散，后续的清军船队再顺势掩杀，这种莽夫一般的战术，却屡试不爽。
其次民船改造的船舰大多不如清军的战船高大，红营的水手和战士跳帮夺船之时，往往就需要仰攻，清军在船舷两侧往往都竖起向外倾斜的厚木板充当胸墙，木板上都设有枪眼，透过枪眼便能用轻炮铳弹直接轰击爬船的红营战士，红营战士和水手要夺取一艘清军战船，经常要负上数倍于那艘战船的清军水手兵卒人数的伤亡。