忠贤专政，弃官回乡。
转眼到了崇祯八年秋，孙传庭出任验封郎中，后越级升为顺天府府丞。崇祯九年=三月，孙传庭主动请缨任陕西巡抚，负责剿灭流贼大军。
就是在这一次，孙传庭在榆林建军，便是明末赫赫有名的秦军。孙传庭率秦军在子午谷的黑水峪以逸待劳，激战四天后高迎祥溃败被俘，送往北京处死，这是孙传庭一生最为高光的时刻。
随后孙传庭率部接连打击了流贼大军圣世王、瓜背王、一翅飞、镇天王等部，使关中以南地区趋于平定。而后孙传庭率部又与洪承畴在潼关南原以重兵埋伏，使闯王李自成部几乎全军覆没，李自成仅以十八骑兵突围而走。
至此，陕西境内的流贼大军几被镇压下去。此时明军情势大好，但因清军在此时攻入长城，崇祯帝急调洪承畴与孙传庭回京防御，李自成便得到喘息。
这也是孙传庭一生的遗憾，此时站在潼关城头上，孙传庭依然是长吁短叹。
“人生短短数十年，而今回想起来，却恍如隔世！”
孙传庭此时非常想见一见刘衍，这个山东总督威名赫赫，北击清军、南败流贼，战无不胜，其麾下的新军号称大明第一强军，孙传庭一直想找机会与刘衍把酒言欢，一同畅想平定天下、拯救黎民的宏愿，可是如今看来，这个愿望恐怕要成为自己的遗愿了。
“报！”
“启禀督臣，流贼刘宗敏部正在集结，意欲攻打潼关西面！”
孙传庭心中叹息一声，流贼日夜围攻，根本不给守军喘息的机会，而东面这边，李自成亲率大军牵制守军兵力，孙传庭不得不在东面部署数千精锐防御，致使西面的防御兵力捉襟见肘，却又无可奈何。
“命督标营各部备战，城中所有军户百姓按照编组准备协防！”
“命令点燃狼烟！”
“是！”
一旁的一名督标营游击将军用一种几乎绝望的语调说道：“督臣，已经连续八天点燃狼烟了，还会有援兵来吗？”
另一个游击将军说道：“流贼同时从东西两面攻来，恐怕陕西全境只剩下咱们还在坚守了！”
孙传庭怒视二人，那两个游击将军顿时低下头，但是孙传庭却没有出言斥责二人。仗打到这个份上，即便是孙传庭，
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