亡朝廷覆灭，广州一带的战斗也没有完全停止。到至元二十三年，才设置市舶司，开辟官方的海上贸易。长期的战乱导致港口遭到严重破坏，再次从第一大港的位置上跌下来。转移走的海外商贸机会，大部分都被泉州捡了便宜。
但是，其他人也同样会因此眼红。忙兀台一党掌握的福州港，就一直凯觎泉州的位置。另外，忙兀台和管理元朝御用商人的沙不丁关系密切。沙不丁出身中亚，也有自己的一套人脉，经营著商贸网络，和蒲寿庚这种完全不同来路、但正好相互竞争的人，显然没有多少「教友」情谊，反而急切希望赶紧扳倒他，好让自己一系的商人吃掉这些资源。
另外，当时元朝的行政划分还很不成熟。泉州那边，自己就是一个行省，不听福建的调度。朝廷里有意改变这种混乱的政区区划，合并福建地区的建制，但这样就有个非常现实的问题一合并之后，泉州行省和福建行省，肯定只能保留一套班子，所以肯定要有一批人要降下去。那么谁来降，谁来保留职务呢？
因此，福建行省的官员，看到有机会，就开始全力攻击蒲寿庚一党。
而这时，忽必烈也逐渐开始疏远唆都。和之前那些「带资入股」的「大跟脚」贵族不同，像唆都这样的人，其实没有什么根基。他们的权力，几乎完全依赖和忽必烈的私人关系一当然，这也是忽必烈看中他们的原因。不过，一旦这种信任关系开始衰退，他们的权势也退化的非常快。
这个时候，元朝的政策也发生了改变，从以「招喻」为主，开始转向战争准备。不知道是文化的问题，还是忽必烈为首的军事集团的需求，总之，元初这个时代，中央政权对于开疆拓土的欲望之强烈，在历史上都不多见。尤其是，元廷很长时间里，甚至在保持多线作战。
对于南洋，他们可能也是第一个试图全盘吃下这里的势力。至元十六年时，元军再次与漠北蒙古人交战。元将刘国杰等人一路向西北讨伐，来到谦河（叶尼塞河上游）地区，截击蒙古军。蒙古军自以为熟悉地形，没有防备，结果大败，大批人马淹死在谦河中，被俘的人就以万计。此后，漠北蒙古人对元朝的威胁，消停了一段时间。
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