如意赌坊被抄的消息，在天亮之前就已经传遍了京城的每一个角落。
那一夜，如意赌坊的地下密室中被搜出的卷宗和账册，装了整整十二口大箱子，被禁军一箱一箱地抬出了赌坊的大门，在火把的照耀下，沿着长街浩浩荡荡地运往皇城。沿途的居民被马蹄声和脚步声惊醒，推开窗户偷偷张望，看到那长长的队伍和全副武装的禁军，都知道——京城要变天了。
与此同时，锦衣卫和禁军联合行动，在同一夜突袭了玄机子在京城中的另外五处秘密据点。每一处据点中都搜出了大量的书信、账册和违禁物品，其中包括兵器、甲胄、火药，甚至还有几份伪造的圣旨和玉玺印模。这些证据加在一起，足以证明玄机子图谋不轨的罪名，再无翻案的可能。
但玄机子本人，却像是人间蒸发了一样，消失得无影无踪。
禁军在如意赌坊方圆三里内进行了地毯式的搜查，挨家挨户地敲门盘问，但没有任何人看到过玄机子的踪迹。那条通往地面的密道出口，通向城西一条废弃的水渠，水渠中早已干涸，只留下一串脚印，延伸到一条小巷的尽头，然后便消失了。
玄机子就像一滴水，在黎明前的黑暗中蒸发了。
永乐帝在早朝上听完韩愈之的汇报之后，沉默了很长时间。满朝文武跪伏在地，大气都不敢出，整个大殿中只有殿外晨风掠过的呼啸声。过了很久，永乐帝才缓缓开口，声音平静得让人心悸：“传朕旨意——国师玄机子，勾结妖党，图谋不轨，即日起革去国师封号，列为钦犯，天下缉拿。凡提供线索者，赏千金；凡窝藏包庇者，与之同罪。”
这道旨意一下，玄机子在朝中经营数十年的根基，便在顷刻之间土崩瓦解。那些曾经依附于他的官员们，有的连夜写奏章揭发玄机子的罪行以求自保，有的则收拾细软准备跑路，但锦衣卫的动作比他们更快——在旨意下达后的短短三天之内，名单上与玄机子有关的数十名官员相继被逮捕下狱，一时间，京城的各大监狱人满为患，菜市口的刑场上几乎每天都有被砍头的犯人。
这是一场清洗，也是一场权力的重组。永乐帝借着这个机会，将朝堂上那些盘根错节的势力连根拔起，换上了一
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